主要区别是，性质不同、功能特点不同、金融服务收费不同，具体如下：
一、性质不同
1、金穗惠农卡
金穗惠农卡是中国农业银行基于金穗借记卡业务平台研发的，面向全体农户发行的综合性银行卡产品。
2、金穗借记卡
金穗借记卡是中国农业银行发行的具有存取现金、转账结算、消费、理财等全部或部分功能的金融支付工具。
二、功能特点不同
1、金穗惠农卡
金穗惠农卡除具有金穗借记卡存取现金、转账结算、消费、理财等各项金融功能外，还可向持卡人提供交易明细折、农户小额贷款载体、农村社保医保身份识别及费用代缴代付、农村公用事业代收付、财政补贴代理等多种特色服务功能。
2、金穗借记卡
存取现金、转账结算、消费、理财，联线作业，实时入账。
三、金融服务收费不同
1、金穗惠农卡
农业银行对惠农卡金融服务收费实施以下优惠：
（1）、免收惠农卡账户小额账户服务费。
（2）、免收惠农卡主卡和交易明细折的工本费。
（3）、减半收取惠农卡主卡年费。
（4）、在农村信用社办理取款业务时，按照人民银行农民工银行卡特色服务的收费标准实施交易手续费优惠。
2、金穗借记卡
（1）、工本费 ：普卡5元/张、彩照卡50元/张。
（2）、年费 ：惠农卡5元，其他卡主卡10元/年（附属卡5元/年）。
（3）、小额账户管理费： 3元/季，季度内日均存款余额小于300元时从账户内扣收 。
参考资料来源：百度百科-金穗卡
参考资料来源：百度百科-金穗惠农卡
金穗惠农卡是农业银行面向农户发行的银联标准借记卡产品，它除具有金穗借记卡存取现金、转账结算、消费、理财等各项金融功能外，还向持卡人提供农户小额贷款载体、财政补贴代理等特色服务功能，并提供一定的金融服务收费减免优惠。还可向持卡人提供交易明细折、农村社保医保身份识别及费用代缴代付、农村公用事业代收付、财政补贴代理等多种特色服务功能。
银行网点人员会到申请人所在村进行集中办理，申请人也可以到已经开办此项业务的网点柜台单独办理。
申领程序：
批量申领
（1）申领人向村委会等我行合作机构提出办卡申请，申请时须填写申请表，并提供户口簿和居民身份证复印件；
（2）村委会等合作机构核实申请人信息后，将申请材料批量提交所在地我行网点进行审核；
（3）对于符合发卡条件的，网点在系统中进行批量开卡（但不激活），并将完成开卡的卡片及卡号清单交村委会等合作机构签收；
（4）村委会等合作机构按照卡号清单，将卡片发给申领人签收；
（5）申领人持惠农卡、户口簿和居民身份证原件到所在地我行网点办理卡片改密激活（可根据情况提供上门激活服务）。激活后的惠农卡方可正常使用。
单独申领
（1）申领人持户口簿、本人居民身份证原件及合作机构对其身份证明的介绍信等到我行网点填写金穗惠农卡申请表。
（2）网点对申领人提交的申请资料进行审核，对于符合发卡条件的当场开卡、并由申领人自行设置密码。开卡完成后惠农卡即可使用。
注意事项：
金穗惠农卡除具有金穗借记卡存取现金、转账结算、消费、理财等各项金融功能外，还可向持卡人提供交易明细折、农户小额贷款载体、农村社保医保身份识别及费用代缴代付、农村公用事业代收付、财政补贴代理等多种特色服务功能。
金穗惠农卡主卡在以其为载体的贷款本息未结清前不得办理销卡
拓展资料：
中国农业银行（AGRICULTURALBANKOFCHINA，简称ABC，农行）成立于1951年。总行位于北京建国门内大街69号，是中央管理的大型国有银行，也是中国四大银行之一。中国农业银行是中国金融体系的重要组成部分，也是世界五百强企业之一，在全球银行1000强中排名前7位，穆迪信用评级为A1。2010年7月15日和16日，农行A股、H股分别在上海证券交易所和香港联交所成功挂牌上市，总市值位列全球上市银行第5位。
参考资料：百度百科_金穗惠农卡
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