1、机构性质不相同
事业单位一般是国家设置的带有一定的公益性质的机构，但不属于政府机构，与公务员是不同的。一般情况下国家会对这些事业单位予以财政补助。
分为全额拨款事业单位，如学校等，差额拨款事业单位，如医院等，还有一种是自主事业单位，是国家不拨款的事业单位。
2、身份不相同
进入行政编制的意味着你是国家公务员，如通过了选调生考试就是国家公务员。国家公务员享受着国家的各种法定待遇，如医疗、晋级等。
事业编制是事业单位编制的总称，像学校就是典型的事业单位。事业编制不一定要求是公务员，而进入行政编制的要求是必须要通过国家公务员考试。
3、级别不相同
在行政编制就是国家公务员，是有级别的。如你第一年是科员，可能是最低一级的，你几年以后当了科长，就是股级。再几年以后当了局长，就是局级。
你如果是行政编制，那你就是“走”级别的。而事业编制，名义上是国家干部，实际上还是工人身份，“走“的是职称，比如你几年以后是初级工，几年以后是中级工，几年以后是高级工。
4、退休后待遇不相同
公务员不用交养老金，所以退休后差别还是比较大的，如果是你是事业单位的，那你每个月发的工资中，会扣除养老金。而公务员不用扣。在部队同样级别，工资待遇基本相同。转业以后，因编制不同，待遇可能就会相差很大了。
公务员编制和事业单位编制主要区别如下：
国家机关里的正规在编人员是公务员，例如政府、检察院法院、公安、工商、民政、司法、税务等
但是，有一些国家机关下面有对外服务职能或者是专业技术智能的单位，例如劳动局本身是机关，但下面的社保中心、医保中心就是对外服务窗口单位；卫生局是机关，但医院就是对外服务的单位……这些单位就是事业单位。
事业单位分国家全额拨款、差额拨款和自筹自支三种。
事业单位编制也是通过考试（事业单位考试）来招募的，不是拿着简历直接应聘的，事业单位采用合同的方式固定劳动关系，但和公务员一样也不会随便解雇，所以论稳定，也是稳定的。但是在待遇上，事业单位比公务员略低。
事业单位所需经费由公共财政支出、不实行经济核算、主要提供教育、科技、文化、卫生等活动非物质生产和劳务服务的社会公共组织，事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
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