在许多情况下，在开始转换之初可能会出现减产，特别是原来严重依赖化肥与农药的地区。但是，在那些原来对农药、化肥使用较少的地区，有机种植就可能不会减产，相反，还可能增产。
肥料种类
在有机种植生产中，允许使用的肥料种类有：
1，按有机农业生产标准要求，经高温发酵无害化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等；
2，矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙等天然物质。
3，生物菌肥，如腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、复合微生物肥料等；绿肥，如草木樨、紫云英、紫花苜蓿等草木灰等；腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质；
4，叶面施用的肥料有腐殖酸肥、微生物菌肥及其他生物叶面专用肥等。
注意：有机蔬菜生产中不允许使用化学合成的肥料；有机蔬菜种植应限制使用人粪尿。
有机防治产品
1、微生物来源 真菌、细菌、病毒等制剂 哈茨木霉菌、枯草芽孢杆菌、白僵菌等；
2、植物和动物来源 印楝素、天然除虫菊、苦楝碱、鱼藤酮、蜂胶等；
3、矿物质来源 矿物油、铜制剂、波尔多液、硅酸盐、石灰、硫磺等；
4、其他 乙醇、苏打、软皂、二氧化碳等。
杂草控制
在有机农业的生产理念中，杂草除了有危害的一面，还有可以利用的一面，比如保护土壤，显示生产环境的变化，休闲土地并且可以成为绿肥，同时可以提高农田的生物多样性，成为天敌的栖息地。 有机农业中采用非化学方法清除田间杂草，消除杂草种子的传播。
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